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  基本信息
  • 姓      名:石琼
  • 职      称:教授
  • 职      位:特聘教授
  • 所  属 系:生物技术系
  • 办公地点:丽湖校区守慧楼324
  • 办公电话:
  • 邮      箱:shiqiong@szu.edu.cn;shiqiong@genomics.cn
  • 工作职责:教学与科技研发
  个人简介

石琼,男,理学博士,特聘教授、博士生导师,俄罗斯自然科学院外籍院士。湖北大学学士(1991)、中山大学硕士(1994)与博士(1997),北京师范大学博士后(1997-99)。曾在日本北海道大学(1999-2001)、美国国立卫生研究院(2002-2007)、马里兰大学(2007-2008)和OriGene公司(2008-2011)等单位工作11年。2011年5月全职回国加入华大集团,先后担任海洋平台负责人(2011-2017)、华大海洋首席科学家(2012-2023)、深圳市华大海洋研究院院长(2016至今)。2023年7月被聘为365BEST体育特聘教授。兼任中国科学院大学博士生导师、内江师范学院“天府学者”特聘教授、中渔科技集团副总裁、深圳市海洋生物基因组学重点实验室主任、广东省海洋经济动物分子育种重点实验室主任、农业基因组学国家重点实验室学术带头人。

长期开展水产基因组学研究、鱼类分子育种与海洋药物研发,已在国内外学术刊物Nature、Nature Genetics、Nature Communications、Cell Discovery、PNAS、JAR等上发表论文210余篇,出版专著13部,获批国家和省市科技项目40余项,获得中美欧授权专利40余项、国家软件著作权5件、农业部认定国审水产新品种证书2件。科技成果入选“中国十大海洋科技进展”(2015、2016)和“中国水产科学研究院十大科技创新亮点”(2017)。曾获中国发明创业奖成果二等奖(2022)、职业教育国家级教学成果二等奖(2022)、国家海洋科学技术二等奖(2021)、国际科学家终身成就奖(2021,印度)、广东省高等职业教育教学成果特等奖(2021)、深圳市自然科学二等奖(2021)、中国产学研合作创新奖(2020)、深圳市享受政府特殊津贴专家(2020)、中国水产杰出贡献人物(2018)、广东省农业技术推广一等奖(2017)、深圳市高层次人才(2017)、镇江市创新创业领军人才(2015)、中华中医药学会科技二等奖(2004)等荣誉奖励。

主持的部分项目:

1. 国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项“多组学支撑的鱼类抗菌肽高通量筛选及活性鉴定“;项目编号:2022YFE0139700;起止时间:2023-2025。

2. 四川省“天府学者“特聘专家、内江师范学院“天府学者”特聘教授团队;起止时间:2023-2026。

3. 深圳市协同创新科技计划国际科技合作项目“乌拉圭马格达莱纳脂鲤的基因组学研究“;起止时间:2020-2022。

4. 国家海洋局十三五海洋经济示范城市专项“深圳市海洋藻类产业协同创新公共服务平台项目”子课题;起止时间:2019-2021。

  近期发表的论文

部分研究论文*通讯作者)

1. Bian C.*, Huang Y., Li R., Xu P., You X., Lv Y., Ruan Z., Chen J., Xu J., Shi Q.* Genomics comparisons of three chromosome-level mudskipper genome assemblies reveal molecular clues for water-to-land evolution and adaptation. Journal of Advanced Research. https://doi.org/10.1016/j.jare.2023.05.005

2. Bian C., Liu C., Zhang G., Tao M., Huang D., Wang C., Lou S., Li H., Shi Q.*, Hu Z.* A chromosome-level genome assembly for the astaxanthin-producing microalga Haematococcus pluvialis. Scientific Data, 2023, 10:511.

3. Zhang K., Huang Y., Zhang Y, Liang R, Li Q., Li R, Zhao X., Bian C., Chen Y., Wu J., Shi Q.*, Lin L.* A chromosome-level reference genome assembly of the Reeve's moray eel (Gymnothorax reevesii). Scientific Data, 2023, 10:501.

4. Guo S., Gao W., Zeng M., Liu F., Yang Q., Chen L., Wang Z., Jin Y., Xiang P., Chen H., Wen Z.*, Shi Q.*, Song Z.* Characterization of TLR1 and expression profiling of TLR signaling pathway related genes in response to Aeromonas hydrophila challenge in hybrid yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco × P. vachelli ). Frontiers in Immunology, 2023, 14:1163781.

5. Sun C., Zhang X., Dong J., You X., Tian Y., Shi Q.*, Ye X.* Whole-genome resequencing reveals recent signatures of selection in five populations of farmed large-mouth bass (Micropterus salmoides). Zoological Research, 2023, 44(1):78-89.

6. Li R., Huang Y., Peng C., Gao Z., Liu J., Ying X., Gao B., Ovchinnikova T.V., Qiu L.*, Bian C.*, Shi Q.* High-throughput prediction and characterization of antimicrobial peptides from multi-omics datasets of Chinese tubular cone snail (Conus betulinus). Frontiers in Marine Science, 2022, 9:1092731.

7. Zhao X., Huang Y., Bian C., You X., Zhang X., Chen J., Wang M., Hu C., Xu Y., Xu J., Shi Q.* Whole genome sequencing of the fast-swimming Southern bluefin tuna (Thunnus maccoyii). Frontiers in Genetics, 2022, 13:1020017.

8. Huang Y., Chen X., Shu H., Xiao P., Lin X., Xu J., Bian C., You X., Yang J.*, Shi Q.* High-throughput identification of antihypertensive peptides (AHTPs) and characterization of AHTP-derived genes in the lined seahorse (Hippocampus erectus). Frontiers in Marine Science, 2022, 9:863310.

9. Huang Y.*, Li J., Bian C., Li R., You X., Shi Q.* Evolutionary genomics reveals multiple functions of arylalkylamine N-acetyltransferase in fish. Frontiers in Genetics, 2022, 13:820442.

10. Mu Y., Bian C., Liu R., Wang Y., Shao G., Li J., Qiu Y., He T., Li W., Ao J., Shi Q.*, Chen X.* Whole genome sequencing of a snailfish from Yap Trench (~7000 m) reveals molecular evolution in hadal environments. PLoS Genetics, 2021, 17(5):e1009530.

11. Chen P., Huang Y., Lv Y., Du H., Raun Z., Li C., Ye H., Zhang H., Wu J., Wang C., Ruan R., Li Y., Bian C., You X., Shi C., Han K., Xu J., Shi Q.*, Wei Q.* The American paddlefish genome provides novel insights into chromosomal evolution and bone mineralization in early vertebrates. Molecular Biology and Evolution, 2021, 38(4):1595-1607.

12. Peng C., Huang Y., Bian C., Li J., Liu J., Zhang K., You X., Lin Z., He Y., Chen J., Lv Y., Ruan Z., Zhang X., Yi Y., Li Y., Lin X., Gu R., Xu J., Yang J., Fan C., Yao G., Chen J.-S., Jiang H., Gao B.*, Shi Q.* The first Conus genome assembly reveals a primary genetic central dogma of conopeptides in C. betulinus. Cell Discovery, 2021, 7(1):11.

13. Sun C., Li J., Dong J., Niu Y., Hu J., Lian J., Li W., Li J., Tian Y., Shi Q.*, Ye X.* Chromosome-level genome assembly for the largemouth bass Micropterus salmoides provides insights into adaptation to fresh and brackish water. Molecular Ecology Resources, 2021, 21(1):301-315.

14. Hughes L.C.*, Orti G.*, Huang Y., Sun Y., Baldwin C., Thompson A.W., Arcila D.K., Betancurr-R R., Li C., Becker L., Bellora N., Zhao X., Li X., Wang M., Fang C., Xie B., Zhou Z., Huang H., Chen S., Venkatesh B.*, Shi Q.* Comprehensive phylogeny of ray-finned fishes (Actinopterygii) based on transcriptomic and genomic data. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115(24):6249-6254.

15. Lin Q., Fan S., Zhang Y., Xu M., Zhang H., Yang Y., Lee A.P., Woltering J.M., Ravi V., Gunter H.M., Luo W., Gao Z., Lim Z.W., Qin G., Schneider R.F., Wang X., Xiong P., Li G., Wang K., Min J., Zhang C., Qiu Y., Bai J., He W., Bian C., Zhang X., Shan D., Qu H., Sun Y., Gao Q., Huang L., Shi Q.*, Meyer A.*, Venkatesh B.* The seahorse genome and the evolution of its specialized morphology. Nature, 2016, 540(7633):395-399.封面文章)。

16. Peng C., Yao G., Gao B., Fan C., Wang J., Cao Y., Wen B., Zhu Y., Ruan Z., You X., Bian C., Li J., Lin Z., Zou S., Zhang X., Qiu Y., Chen J., Coon S.L., Yang J., Chen J.-S.*, Shi Q.* High-throughput identification of novel conotoxins from the Chinese tubular cone snail (Conus betulinus) by multi-transcriptome sequencing. GigaScience, 2016, 5:17.

17. Yang J.*, Chen X., Bai J., Fang D., Qiu Y., Jiang W., Yuan H., Bian C., Lu J., He S., Pan X., Zhang Y., Wang X., You X., Wang Y., Sun Y., Mao D., Liu Y., Fan G., Zhang H., Chen X., Zhang X., Zheng L., Wang J., Cheng L., Chen J., Ruan Z., Li J., Yu H., Peng C., Ma X., Xu J., He Y., Xu Z., Xu P., Wang J., Yang H., Wang J., Whitten T.*, Xu X.*, Shi Q.* The Sinocyclocheilus cavefish genome provides insights into cave adaptation. BMC Biology, 2016, 14:1.

18. You X., Bian C.*, Zan Q., Xu X., Liu X., Chen J., Wang J., Qiu Y., Li W., Zhang X., Sun Y., Chen S., Hong W., Li Y., Cheng S., Fan G., Shi C., Liang J., Tang Y.T., Yang C., Ruan Z., Bai J., Peng C., Mu Q., Lu J., Fan M., Yang S., Huang Z., Jiang X., Fang X., Zhang G., Zhang Y., Yu H., Li W., Liu Z., Zhang G., Ravi V., Coon S. L., Wang J., Yang H., Venkatesh B., Wang J.*, Shi Q.* Mudskipper genomes provide insights into the terrestrial adaptation of amphibious fishes. Nature Communications, 2014, 5:5594.

 

部分专著

1. (参编)。Encyclopedia of Marine Biotechnology. Kim S.-K. (ed.). John Wiley & Sons Inc., UK. 2020年。

2. 、高炳淼、彭超(主编)。海洋芋螺资源图鉴。广州:中山大学出版社。2018年。

3. (参编)。鱼类基因组学与基因组育种技术,陈松林主编。北京:科学出版社。2017年。

4. 孙颖、 (主编)。后基因组时代的鱼类样本库建设与实践。北京:科学出版社。2017年。

5. 宋林生、 (主编)。海洋生物功能基因开发与利用。北京:科学出版社。2016年。

6. (参编)。Marine Omics: Principles and Applications. Kim S.-K. (Ed.), CRC Press. 2016

7. 孙颖(主编)、黄玉、 (副主编)。基因组学及其应用专业英语。广州:中山大学出版社。2015年。

8. 、孙颖(主编)。海洋生物基因组学概论。广州:中山大学出版社。2015年。

 

职称 教授 职位 特聘教授
所属系 生物技术系 办公室 丽湖校区守慧楼324
办公电话 邮箱 shiqiong@szu.edu.cn;shiqiong@genomics.cn
工作职责 教学与科技研发 个人简介 <p>石琼,男,理学博士,特聘教授、博士生导师,俄罗斯自然科学院外籍院士。湖北大学学士(1991)、中山大学硕士(1994)与博士(1997),北京师范大学博士后(1997-99)。曾在日本北海道大学(1999-2001)、美国国立卫生研究院(2002-2007)、马里兰大学(2007-2008)和OriGene公司(2008-2011)等单位工作11年。2011年5月全职回国加入华大集团,先后担任海洋平台负责人(2011-2017)、华大海洋首席科学家(2012-2023)、深圳市华大海洋研究院院长(2016至今)。2023年7月被聘为365BEST体育特聘教授。兼任中国科学院大学博士生导师、内江师范学院“天府学者”特聘教授、中渔科技集团副总裁、深圳市海洋生物基因组学重点实验室主任、广东省海洋经济动物分子育种重点实验室主任、农业基因组学国家重点实验室学术带头人。
<p>长期开展水产基因组学研究、鱼类分子育种与海洋药物研发,已在国内外学术刊物Nature、Nature Genetics、Nature Communications、Cell Discovery、PNAS、JAR等上发表论文210余篇,出版专著13部,获批国家和省市科技项目40余项,获得中美欧授权专利40余项、国家软件著作权5件、农业部认定国审水产新品种证书2件。科技成果入选“中国十大海洋科技进展”(2015、2016)和“中国水产科学研究院十大科技创新亮点”(2017)。曾获中国发明创业奖成果二等奖(2022)、职业教育国家级教学成果二等奖(2022)、国家海洋科学技术二等奖(2021)、国际科学家终身成就奖(2021,印度)、广东省高等职业教育教学成果特等奖(2021)、深圳市自然科学二等奖(2021)、中国产学研合作创新奖(2020)、深圳市享受政府特殊津贴专家(2020)、中国水产杰出贡献人物(2018)、广东省农业技术推广一等奖(2017)、深圳市高层次人才(2017)、镇江市创新创业领军人才(2015)、中华中医药学会科技二等奖(2004)等荣誉奖励。
<p>主持的部分项目:</p>
<p>1. 国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项“多组学支撑的鱼类抗菌肽高通量筛选及活性鉴定“;项目编号:2022YFE0139700;起止时间:2023-2025。</p>
<p>2. 四川省“天府学者“特聘专家、内江师范学院“天府学者”特聘教授团队;起止时间:2023-2026。</p>
<p>3. 深圳市协同创新科技计划国际科技合作项目“乌拉圭马格达莱纳脂鲤的基因组学研究“;起止时间:2020-2022。</p>
<p>4. 国家海洋局十三五海洋经济示范城市专项“深圳市海洋藻类产业协同创新公共服务平台项目”子课题;起止时间:2019-2021。</p>
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